22 października 2023 r. proboszcz parafii pw. Narodzenia Najświętszej Maryi Panny — ksiądz doktor Jan Banach oświadczył, że wikary S. „został odwołany z funkcji wikariusza, w związku z sytuacją, która wymaga wyjaśnienia”.  Jak informował wówczas portal limanowa.in – do prokuratury w Limanowej wpłynęło zawiadomienie o możliwości popełnienia przestępstwa przez księdza Rafała S. Zawiadamiającym miał być inny duchowny.

W listopadzie ksiądz został tymczasowo aresztowany. Po wpłaceniu 50 tysięcy poręczenia opuścił areszt.

Tuż przed świętami Bożego Narodzenia ub. r.  – 23 grudnia – do Sądu Rejonowego w Limanowej trafił akt oskarżenia. „Zarzucamy mu dwa przestępstwa przeciwko wolności seksualnej. Chodzi dokładnie o art. 197 par. 1 Kodeksu karnego” – powiedziała w rozmowie z reporterami Onetu Justyna Rataj-Mykietyn, rzeczniczka Prokuratury Okręgowej w Nowym Sączu.